Éstas pueden ser alteración de la coordinación (sinergia) entre la musculatura del esfínter anal y los reflejos defecatorios, Hipotonía de la musculatura esfinteriana, cicatrices de desgarros que alteran la función, entre otras.
Los dos principales trastornos son el estreñimiento crónico distal (EC), la incontinencia de gases y la incontinencia fecal (IF).